Os ovos não são apenas ricos em nutrientes — eles também carregam um profundo significado.  

(Alternative option, slightly more natural in some contexts:  
Os ovos não são só cheios de nutrientes — também têm um significado especial.)  

Both versions convey the original meaning while adapting to natural Portuguese phrasing. The first is more literal, while the second softens “deep meaning” to “special meaning,” which may sound more idiomatic depending on the context.